Et påskeegg i traileren Captain Marvel bekrefter at filmen vil involvere The Avengers 'Project PEGASUS - et subtilt bånd til Infinity Stones. Captain Marvel ser ut til å tjene som en forhåndsakt for hele Avengers-franchisen, og avslører et aldri før sett sett eventyr av Nick Fury og Phil Coulson. Det ser ut til å vise akkurat hvorfor Fury ble en tro på superhelter, med Captain Marvel som inspirasjon for hele Avengers Initiative. Men det ser ut som om forbindelsene kan løpe mye dypere enn det.
Prosjekt PEGASUS løftes rett fra tegneseriene, der det ble sett for seg som en vitenskapelig base i Adirondack-fjellene. Det var opprinnelig ment å føre tilsyn med forskning på alternative energiformer, men den ble gradvis et senter for noen av verdens mest avanserte teknologi. MCU-versjonen ble første gang referert til i Iron Man 2, som avslørte at Howard Stark hadde vært involvert i prosjektet før hans død i 1991. Den ble endelig sett på storskjerm i The Avengers i 2012, da Loki infiltrerte anlegget sitt i Mojave-ørkenen.
Den andre traileren til Captain Marvel har endelig bekreftet at Project PEGASUS vil vises i filmen. En scene i traileren ser Nick Fury og Carol Danvers stjele en Quinjet - en med en PEGASUS-logo på vingen. Det ser ut som Fury har tatt Captain Marvel til en PEGASUS-base, noe som gir mening; Captain Marvel-teaseren viste en Quinjet som flyr ut i verdensrommet, og selv moderne Quinjets har ikke den muligheten. Men en PEGASUS Quinjet - sannsynligvis et sjeldnere design, bygget som et resultat av et partnerskap mellom SHIELD og NASA - kan godt være i stand til å gjøre det.
PEGASUS-referansen er imidlertid viktig av en annen grunn. Det er viktig å huske at PEGASUS-basen i Mojave-ørkenen i The Avengers var stedet der SHIELD undersøkte kraften fra Tesseract. Med tanke på at Mojave-ørkenen primært ligger i det sørlige California og Captain Marvel finner sted i Los Angeles (mens du er på jorden), er det ganske sannsynlig at dette er det samme anlegget. Space Stone ble hentet av Howard Stark en gang før hans død; pleide han å jobbe med PEGASUS, så det er mulig han studerte Tesseract der, og at det forble på Mojave-ørkenen-installasjonen helt til Lokis ankomst til The Avengers-filmen.
Det er interessant å merke seg at Ben Mendelsohns Captain Marvel-karakter Talos, krigslederen på Skrull som har brukt sine formskiftende krefter for å infiltrere SHIELD, ser ut til å lede et sikkerhetsteam på PEGASUS-basen. Er dette bare en tilfeldighet - eller har Skrulls målrettet denne spesifikke installasjonen av en grunn? Tesseracten kan faktisk være en viktig del av Captain Marvels tomt; kanskje Skrulls har lært at Space Stone er på jorden, og hele deres invasjon er virkelig et forsøk på å skaffe den. Det er en tegneserie-presedens for den ideen; i 2007, Secret Invasion-hendelsen, fokuserte Skrulls en fenomenal innsats på å fange avansert teknologi som ble holdt på PEGASUS, og de kunne ha det samme motivet her. Hvis dette virkelig er tilfelle, og hvis Tesseract spiller en rolle i denne filmen, vil Captain Marvel ikke bare være en forhåndshistorie for Avengers-franchisen; det vil i stedet sette scenen for hele MCU.
